Kofola được Viện Nghiên cứu Cây thuốc Tiệp Khắc ở Praha phát minh vào năm 1959, trong quá trình nghiên cứu nhằm tìm ra cách tận dụng lượng caffeine dư thừa sinh ra từ quá trình rang cà phê. Quá trình nghiên cứu cho kết quả là một loại xi-rô có màu sẫm, vị chua ngọt. Loại xi-rô này được đặt tên là Kofo và sau đó đã trở thành thành phần chính của loại nước giải khát mới có tên Kofola. Kofola được giới thiệu đến người tiêu dùng vào năm 1960. Trong những năm 1960 và 1970, Kofola trở nên cực kỳ phổ biến và được ưa chuộng ở Tiệp Khắc. Loại nước này thay thế cho đồ uống có ga của phương Tây như Coca-Cola hoặc Pepsi. Các loại nước giải khát này có thể mua được từ năm 1968 (Pepsi từ năm 1974), nhưng đắt tiền và được coi là chỉ dành cho tầng lớp thượng lưu. Đến tận ngày nay, Kofola vẫn là một thức uống phổ biến trong các nhà hàng tại Tiệp Khắc.

Kể từ năm 1998, ngoài loại chai thủy tinh cổ điển dung tích 0,33 lít, Kofola còn được đóng vào các chai nhựa dung tích 0,5 lít và 2 lít. Loại can nhựa 0,25 lít được ra mắt người tiêu dùng vào năm 2003, và chai nhựa 1 lít thì được ra mắt vào tháng 12 năm 2004. Loại Kofola đóng thùng 50 lít, thường được bán cho các quán bar và nhà hàng trên khắp hai quốc gia, cũng rất được ưa chuộng.

Kể từ năm 2002, nhà sản xuất đã khởi động một chiến dịch truyền thông thành công. Chiến dịch nhắm đến đối tượng là những khán giả trẻ, với khẩu hiệu "Když ji miluješ, není co řešit / Keď ju miluješ, nie je čo riešiť" ("If you love it, there is nothing to question").

Đến tận năm 2000, logo Kofola vẫn có hình hạt cà phê. Ở thời điểm hiện tại, logo của công ty được cách điệu giống một bông hoa cà phê.